Bardzo dużym utrudnieniem jest trudność przewidzenia na jakiej częstotliwości radiowej mogą być wysyłane sygnały przez poza ziemskie cywilizacje. Emisja silnych sygnałów w zbyt szerokim zakresie częstotliwości byłaby kosztowna energetycznie i bardziej prawdopodobne jest, że takie sygnały mogą być nadawane w stosunkowo wąskich zakresach częstotliwości. Oznacza to, że program SETI musi analizować całe, jak najszersze spektrum fal, dla każdej badanej gwiazdy.

Kolejnym problemem jest w jaki sposób może być modulowany i kodowany sygnał nadawany przez obcą cywilizację. Pozaziemska technologia prawdopodobnie jest zupełnie inna od naszej, co utrudnia odgadnięcie rozwiązań telekomunikacyjnych opracowanych przez kosmitów. Specjalistom z tej dziedziny wydaje się jednak, że należy poszukiwać silnego sygnału nadawanego we wąskim zakresie częstotliwości o złożonej strukturze charakteryzującej się pewną regularnością.

Z energetycznego punktu widzenia wydaje się mało prawdopodobne, aby jakaś obca cywilizacja zdecydowała się wysłać wystarczająco silny sygnał, aby mógł on dotrzeć do każdej gwiazdy w swoim kosmicznym sąsiedztwie. Bardziej rozsądne jest wysyłanie sygnałów w "najbardziej obiecujących kierunkach", wybranych ma podstawie założeń zbliżonych do tych z projektu SETI, opisanych powyżej.

Jednak podsłuch nawet takich ukierunkowanych sygnałów okazuje się bardzo trudnym zadaniem, ponieważ na potencjalnej drodze przedmiotowych sygnałów znajduje się mnóstwo źródeł zakłóceń. Każda z gwiazd wysyła bowiem swój własny szum radiowy, który może mieszać się z poszukiwanymi sygnałami. Dochodzi fakt, że obok dobrze znanych gwiazd występują w kosmosie jeszcze obszary pyłu międzygwiazdowego.

Początki programu SETI

Współczesny program SETI został zapoczątkowany 19 września 1959 roku. W dwustronicowym artykule pt. "Searching for Interstellar Communications" opublikowanym w Nature przez dwóch młodych fizyków Philipa Morrisona i Giuseppe Cocconi'ego została opisana możliwość komunikowania się w przestrzeni kosmicznej za pomocą fal radiowych o długości 21 cm (1420 MHz).

Wybór akurat tej częstotliwości był podyktowany wieloma racjonalnymi przesłankami:

• Sygnały o zbyt małych częstotliwościach są zbyt silnie tłumione, stąd wydaje się, że komunikacja na długich dystansach jest możliwa tylko w zakresie fal ultrakrótkich. W grę wchodzi więc zakres od 100 do 10 000 MHz.
• Przy częstotliwości poniżej 1400 MHz, sygnały radiowe są silne zakłócane przez emisję generowaną przez wolne elektrony przemieszczające się przez silne pola magnetyczne występujące wokół gwiazd. Z kolei sygnały powyżej 1600 MHz są silnie zagłuszane przez emisje pochodzące od przemian jądrowych zachodzących wewnątrz gwiazd. W grę wchodzi więc tylko zakres 1400 - 1600 MHz.
• Ze względów energetycznych łatwiej jest generować fale radiowe, o możliwie jak najniższej częstotliwości, a tutaj występuje bardzo charakterystyczny i wąski sygnał emisji wodoru - 1420 MHz.